海洋生態環境監測內容包括但不限于水質、土壤、大氣和生物等方面,最重要的是對核污染水排放區域的生物多樣性進行監測。生物是環境的敏感指示物種,對環境污染具有較高的敏感性,且放射性核素沉積在生物體內會造成遺傳物質DNA的損傷和斷鏈進而誘發變異與癌癥,通過監測生物的生存狀況和物種多樣性等指標可以評估核污染水排放對生物群落的影響為污染治理和生態系統保護提供依據。
只需從海中舀一杯水,從土壤中挖一抔土,從沉積物中分離一管淤泥等等,就能知道有哪些物種曾在附近出沒。這就是環境DNA(eDNA)技術。
環境DNA技術是20 世紀以來生態環境領域最重要的革命性技術之一,已成為生物監測和保護的重要工具。它通過從環境介質(水、土壤、沉積物等)中提取DNA,對基因組的特定DNA片段進行PCR擴增和高通量測序,從而實現對生物群落的定性、定量分析。
高通量測序的靈敏度優勢可以對環境中含量非常低的DNA實現檢測。采用基于高通量測序的環境DNA技術,研究人員可以在一個樣本中同時分析數千個物種。它極大地變革了生物多樣性的發現和監測手段,可以高通量地檢測和量化生物多樣性及其變化,為評估環境污染對生態系統的風險提供了更有效的方法。
高通量測序與eDNA序列相關聯的技術也被稱為“eDNA metabarcoding”(環境DNA宏條形碼)。目前,華大智造基于ATOPlex多重PCR技術和DNBSEQ測序平臺正在開發一套環境DNA宏條形碼測序組合產品,搭配自主研發的自動化樣本制備系統與分析軟件,可覆蓋從樣本到分析結果全流程,實現環境DNA一站式監測。
華大智造獨有的DNBSEQ測序技術,能夠為eDNA的生信分析提供高質量的測序數據。ATOPlex多重PCR 技術,是華大智造自主研發的超高重 PCR 核心專利技術,可針對目標區域進行引物設計,并提供Panel和建庫試劑等一整套方案,實現精準高效的環境DNA宏條形碼測序。
華大智造環境DNA宏條形碼測序組合產品可實現識別環境樣本(水體、土壤和沉積物等)中的微生物、植物、藻類和動物種類,具有不損害生物機體、不受生物發育時期限制、靈敏度高、物種覆蓋廣、分析功能強大等特點,為核污水排海后的生態系統生物多樣性監測提供強大工具支撐。
參考文獻:Environmental DNA Time Series in Ecology. Trends in Ecology & Evolution, 2019.
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