1、 產地環境污染
農產品產地環境中的污染物對農產品質量安全生產的危害。工業“三廢”和城市生活垃圾不合理地排入江、河、湖、海，污染了農田、水源和大氣。由于農產品產地環境污染沒有得到有效的控制，致使農業生態環境惡化，重金屬及有害物質在水、土、氣中超標，進而在食物中殘留、聚積，影響農產品質量，最終影響人體健康。
2、物理性污染
由物理性因素對農產品質量安全產生的危害。形成的主要原因是在農產品收獲或加工過程中操作不規范或不慎在農產品中混人有害物質，導致農產品受到污染。
3、生物性污染
自然界中各類生物因子對農產品質量安全產生的危后。如致病性細菌、病毒、毒素污染以及收獲、屠宰、捕撈后的加工、貯度、銷售過程中的病原生物污染。
4、化學性污染
生產、加工過程中農業投人品使用不合理，對農產品質量安安全產生的危害。食品加工中濫加化學添加劑，為了爭取瓜果、蔬菜早上市，不恰當地使用激素，濫施化學藥劑，不但造成農產品口感不好，還可能夾雜有毒有害成分。
5、農產品質量安全體系不完善
與發達國家相比，我國在環境保護法規、技術標準、質量認證以及對綠色包裝、標志、標簽使用和管理方面還存在一定差距，生產者缺乏標準意識。“ 無標準生產”“無標準上市”現象普遍，農產品質量安全檢驗檢測體系不適應“從土地到餐桌”全程質量控制的要求。
附：《中華人民共和國農產品質量安全法》規定禁止銷售的農產品
一、含有國家禁止使用的農藥、獸藥或者其他化學物質的。
二、農藥、獸藥等化學物質殘留或者含有的重金屬等有毒有害物質不符合農產品質量安全標準的。
三、含有的致病性寄生蟲、微生物或者生物毒素不符合農產品質量安全標準的。
四、使用的保鮮劑、防腐劑、添加劑等材料不符合農產品質量標準的。
五、其他不符合農產品質量安全標準的。